Het Natuurmuseum Nijmegen is aangesloten bij de Kring Gelderse Bezoekerscentra en de Stichting Toeristische Ondernemers Gelderse Poort.

Verder is het Natuurmuseum Nijmegen lid van de volgende organisaties:

Museaal:
International Council of Musea
Nederlandse Museumvereniging
Stichting Nederlandse Natuurhistorische Collecties
Nederlandse Federatie van Vrienden van Musea
Stichting Gelders Erfgoed
TentoonstellingsKontakt Nijmegen

Natuur- en milieueducatie:
Stichting Gelderse Milieu-Federatie
Gelders Overleg Schoolbiologen
Milieu-Overleg Nijmegen
Gemeentelijk Educatie-Overleg