De collectie van het Natuurmuseum Nijmegen is gehuisvest in het depot aan de Derde Walstraat 55 in Nijmegen. De collectie wordt beheerd door de afdeling Collectiebeheer, die bestaat uit twee betaalde medewerkers en vele vrijwillige deskundigen. Het collectiebeheer vindt plaats volgens het collectieplan dat onder verantwoordelijkheid van de directeur wordt opgesteld door een Collectiecommissie. De afdeling is te bereiken op Dit e-mailadres is beschermd tegen spambots. U heeft JavaScript nodig om het te kunnen zien. .

Deelcollectie Gesteenten, Mineralen en Fossielen
De deelcollectie gesteenten, mineralen en fossielen omvat hoofdzakelijk mineralen, zwerfstenen en fossielen.
Xander de Jong is conservator.

.

Deelcollectie Insecten
De deelcollectie insecten omvat behalve insecten ook alle andere arthropoden. Sjef van der Molen is conservator entomologie.

Deelcollectie Planten (herbarium)
De deelcollectie planten bestaat uit een vaatplanten herbarium en enkele kleine verzamelingen mossen en korstmossen. Sophie Hochstenbach is conservator.

Deelcollectie Vertebraten
De deelcollectie vertebraten bestaat hoofdzakelijk uit opgezette vogels en zoogdieren. Van andere vertebraten, waaronder kikkers en salamanders zijn afgietsels aanwezig. Daphne Niehoff is conservator.

Opgezette dieren met onvoldoende documentatie vormen de uitleencollectie, de zogeheten ‘biotheek’. Objecten uit de biotheek worden voor educatieve doelen uitgeleend.